บาลสงขลานครินทร์ ให้ความสำคัญต่อความหลากหลายทางเพศและอัตลักษณ์ทางเพศ โดยเฉพาะอย่างยิ่งกับบุคคลข้ามเพศ ซึ่งในอดีตสังคมยังไม่ยอมรับเรื่องเหล่านี้และมองว่าการเบี่ยงเบนทางเพศหรือการแปลงเพศเป็นเรื่องผิดธรรมชาติ แต่ในทางการแพทย์สมัยใหม่ไม่ถือว่าความหลากหลายทางเพศเป็นความผิดปกติของทั้งร่างกาย จิตใจ และพฤติกรรม และยังได้ส่งเสริมให้บุคคลข้ามเพศเหล่านั้นได้เกิดความรู้ความเข้าใจในอัตลักษณ์ทางเพศของตนเอง ตลอดจนสนับสนุนด้านการดูแลรักษาที่ปลอดภัยให้แก่บุคคลข้ามเพศ ในการเปลี่ยนแปลงสภาพร่างกายตามความปรารถนาของตนเอง ได้แสดงตัวตนของตนเองออกมาอย่างเปิดเผย และดำเนินชีวิตได้อย่างปกติสุขในสังคม