ในวโรกาส 100 แห่งประสูติการของสมเด็จพระศรีนครินทราบรมราชชนนี เพื่อน้อมรำลึกและสำนึกในพระมหากรุณาธิคุณของสมเด็จพระศรีนครินทราบรมราชชนนีที่มีต่อวงการทันตสาธารณสุขของประเทศไทย กองทุนเฉลิมพระเกียรติ 100 ปี สมเด็จย่า คณะทันตแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ จึงได้ถือกำเนิดขึ้นเมื่อวันที่ 26 กันยายน 2543 โดยสมเด็จพระเจ้าพี่นางเธอ เจ้าฟ้ากัลยานิวัฒนา กรมหลวงนราธิวาสราชนครินทร์ ทรงประทานพระอนุญาตให้ใช้ชื่อกองทุนว่า “กองทุนเฉลิมพระเกียรติ 100 ปีสมเด็จย่า คณะทันตแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ ” เมื่อสมเด็จพระเจ้าพี่นางเธอ เจ้าฟ้ากัลยานิวัฒนากรมหลวงนราธิวาสราชนครินทร์ เสด็จสู่สวรรคาลัย สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมี ทรงรับกองทุนฯ ไว้อยู่ในพระราชูปถัมภ์ ตั้งแต่ 26 พฤศจิกายน 2551 เป็นต้นมา
