จากข้อมูลทางวิชาการพบว่า สารพิษที่พบอยู่ในเนื้อและไข่ของแมงดาถ้วยคือสารเทโทรโดท็อกซิน (tetrodotoxin) และซาซิท็อกซิน (saxitoxin) ซึ่งเป็นสารชนิดเดียวกันกับที่พบในปลาปักเป้า เป็นสารที่ส่งผลต่อระบบควบคุมการหายใจถึงขั้นเสียชีวิต โดยพิษในแมงดาถ้วยเกิดจาก 2 สาเหตุหลักๆ คือ 1.แมงดากินแพลงก์ตอนที่มีพิษ หรือกินสัตว์ทะเลอื่นๆ ที่กินแพลงก์ตอนพิษเข้าไปทำให้สารพิษไปสะสมอยู่ในเนื้อและไข่ของแมงดา 2.เกิดจากแบคทีเรียในลำไส้ที่สร้างพิษขึ้นมาได้เอง หรือสาเหตุประกอบกันทั้งสอง และที่สำคัญสารพิษทั้ง 2 ชนิดนี้เป็นสารที่ทนต่อความร้อนได้ดี การปรุงอาหารด้วยความร้อนวิธีต่างๆ เช่น ต้ม ทอด หรืออบเป็นเวลานานมากกว่าชั่วโมงไม่สามารถทำลายสารพิษชนิดนี้ได้ ประชาชนจึงไม่ควรนำมาบริโภคอย่างเด็ดขาด
