เนื่องจากไวรัสปรับตัวเร็วมีหลายสายพันธุ์ ถ้าใช้ยาฟาวิพิราเวียร์ ฟุ่มเฟือย โดยไม่มีข้อบ่งชี้อาจทำให้เกิดเชื้อดื้อยา ทำให้ไม่มียารักษาผู้ป่วย COVID-19 ที่มีอาการรุนแรง จะทำให้ผู้ป่วยเสียชีวิตมากขึ้นได้ นอกจากนี้ มีผลทำให้ระดับน้ำตาลในเลือดผิดปกติ เมื่อรับประทานร่วมกับยาบางชนิด รวมทั้งมีผลต่อการทำงานของตับ ดังนั้นไม่ควรกิน ร่วมกับยาฟ้าทะลายโจร หรือ ยาที่มีผลต่อตับ ยาฟาวิพิราเวียร์ จัดเป็นยาควบคุมพิเศษ ที่ต้องสั่งจ่ายและอยู่ภายใต้การดูแลของแพทย์ จำเป็นต้องติดตามอาการข้างเคียง และผลการรักษาระหว่างการใช้ยา การใช้ยาในผู้ป่วยบางกลุ่มจำเป็นต้องคำนึงถึงประโยชน์ และความเสี่ยงจากผลข้างเคียงที่จะตามมาโดยเฉพาะในหญิงตั้งครรภ์